¿Por qué se producen esos rayos de oscuridad? Simplemente por la sombra. Las nubes que están cerca del horizonte pueden bloquear la luz del sol, y crean sombra (como todo objeto al que se le aplica una luz). Como el Sol está prácticamente al mismo nivel que esas nubes, la sombra se proyecta sobre la manta de nubes que sigue.
La forma de entenderlo es muy sencilla. Si pones un palo pegado al techo de una habitación, verás como la bombilla crea una sombra muy larga de ese palo en el techo. Aquí, al haber tal capa de nubes, el efecto es el que vemos.
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