En otras ocasiones veo usar "v." en lugar de "vs.", así que primero explicaré esta diferencia. El uso de "v." es para abreviar "véase" y no versus. El término "vs" es una sigla de origen inglés, en ningún caso es española. Existe un uso en español (según Manuel Seco) en el que V.S. significa "vuestra señoría", pero en ningún diccionario aparece "vs" como término oficial o de uso español.
Sabiendo ahora que es un término que viene del inglés, veamos sus inicios. El origen de la palabra versus es del latín y significa "hacia". Otras palabras que se relacionan con este término en nuestro idioma tienen el origen en el término vertere, cuyo significado es girar o convertir.
Tal como comenta Lazarus de este termino vienen vertedero, vertebra,… Palabras como advertir, adversario o controversia vienen de "advertere" (girarse hacia o dirigir hacia). Según esto, se puede uno imaginar de dónde viene reverso, transversal, subversivo e invertir.
En inglés cambiaron el significado porque en los juicios, el que acusaba presentaba su caso dirigido hacia el acusado (ej: John versus Peter), y los jueces soltaban el latinismo (por pedantería, supongo), así que acabó transformándose hasta hacerse sinónimo exacto de "against". No ocurrió así en español.
Así, tenemos un vocablo que aunque significa "hacia" en su origen, se adquirió en el lenguaje jurídico inglés. Según la RAE, ya en el siglo XV, se usaba este valor de ‘contra’, y con este sentido se usa frecuentemente en el español de hoy: «Kaspárov ‘versus’ Deep Blue: ¿quién ganará la partida?» (País [Esp.] 21.5.97); «Odiosas dicotomías: habla popular versus lengua de cultura, lenguas primitivas versus lenguas avanzadas» (Ninyoles Idiomas [Esp. 1977]).
Aunque no es censurable su empleo —pues palabras españolas como adversario, procedentes en latín de la misma raíz que versus, presentan el rasgo semántico de confrontación—, se recomienda sustituir este latinismo anglicado por la preposición española contra o por la locución preposicional frente a.